FG-MD是一种基于分子动力学的结构优化算法。旨在改进初始模型，使其更接近自然构象。还可以通过消除空间碰撞、改善扭转角和氢键网络来改善局部构象。它首先通过结构比从pdb数据库中找到结构相似的碎片。从碎片分子提出的空间约束应用到MD采样过程中。
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